Le projet NanoDiat soutenu par le FEDER Auvergne

Ce projet porté par Aquabio sera mené en partenariat avec l'INRAe et vise à développer une identification des diatomées basée non plus sur l'observation microscopique, mais sur le séquençage génétique.

Le projet NanoDiat a pour objectif de démocratiser les inventaires génétiques de la flore de diatomées des cours d’eau. L'objectif est de concevoir au sein de nos laboratoires spécialistes de la microflore, un service d’identification des diatomées moins cher, plus rapide et plus adaptable à la variété des besoins des acteurs de la protection de l’environnement. Cette collaboration entre Aquabio et l’UMR CARRTEL de Thonon-les-Bains, qui associe l'INRAE et l'Université Savoie-Mont Blanc, permettra de démontrer la pertinence technique, opérationnelle et économique de ce service qui sera proposé au niveau régional, national et international aux gestionnaires de milieux naturels, agences environnementales et industriels soumis aux réglementations sur l’eau. Le projet NanoDiat permettra une production rapide, précise et efficace des données servant à caractériser la qualité des milieux aquatiques.

L’identification des organismes vivants à partir de courtes séquences génétiques, nommée barcoding génétique, est apparue en 2003. Le métabarcoding, apparu en 2012, consiste quant à lui en l'identification non pas d’un seul individu, mais de tous les individus formant une communauté biologique. Cette méthode souffre néanmoins de deux inconvénients :

• Un nombre significatif d’individus restent non identifié.

• L'appareil de séquençage représente un investissement très important, qui force les écologues à sous-traiter l’étape de séquençage des codes barres génétiques à des laboratoires dédiés.

Une nouvelle génération de séquenceurs permet aujourd’hui de séquencer des brins d’ADN beaucoup plus longs avec un appareil plus performant et miniaturisé, tel que le séquenceur MinION de la société Oxford Nanopore Technologies. Le MinION offre la possibilité aux écologues de produire leurs propres données, adaptées à leurs besoins, en prenant en main eux même le séquençage des codes barres génétiques. Les caractéristiques de ces séquenceurs offrent de nouvelles possibilités, mais s’accompagnent d’une série de contraintes.

Le projet NanoDiat permettra de développer de nouveaux protocoles en permettant d’exploiter les possibilités offertes par ces technologies :

• Séquencer un code barre plus grand et gagner en précision d’identification des diatomées.

• Démocratiser le séquençage en exploitant la facilité d’usage des séquenceurs MinION permettant une identification des diatomées plus rapide, économique et plus adaptable à la variété des besoins des acteurs de la protection de l’environnement.

NanoDiat est cofinancé par l’Union européenne dans le cadre du Fond Européen de Développement Régional (FEDER).